مدرسه دودر یکی از زیباترین و اصیل ترین نمونه های معماری دوران تیموری است که توسط یکی از فرماندهان تیموری به نام غیاث الدین و در دوران سلطنت میرزا شاهرخ ساخته شده است. این مدرسه به این دلیل به دودر شهرت یافته که دو در ورودی در شرق و غرب مدرسه قرار دارد.

مکان اولیه این مدرسه در کنار بازار قدیمی زنجیر بوده و اکنون در مرکز مجموعه اماکن حرم امام رضا(ع) قرار دارد . از ویژگی های معماری مدرسه دودر وجود دو گنبد به رنگ آبی آسمانی در سمت جنوب غربی و شرقی مدرسه است. بانی این مدرسه غیاث الدین یوسف خواجه بهادر معرفی شده و مدفن وی در گنبد جنوبی مدرسه واقع است. کتیبه سردر جنوب شرقی مدرسه حاوی نام ابو المظفر شاهرخ بهادر سلطان مورخ 843 است.

کتیبه دیگری در همین ورودی مربوط به تعمیرات مدرسه در سال 1088 می باشد. ایوان جنوب غربی بنا دارای کتیبه ای به سال 843 است و سنگ مزار موجود در گنبد جنوبی تاریخ 846 را نشان می دهد. کتیبه این سنگ مزار به خط عطاء الله بن عبدالله اسلان می باشد. تعمیرات این مدرسه به کوشش کلبعلی خان قورچی باشی و تحت نظارت شیخ محمد فاضل مدرس مدرسه انجام یافته است.

مدرسه دودر در کنار حرم مطهر امام رضا(ع) و مقابل مدرسه پریزاد قرار دارد. در حال حاضر این مدرسه به عنوان دارالقرآن در جهت اجرای برنامه‌های متنوع قرآنی فعالیت دارد. بنا به نظر کارشناسان اداره میراث فرهنگی قدمت گچبری های این مدرسه به اواخر دوره سلجوقیان تا اوایل دوران ایلخانی می رسد. به نظر می رسد که مدرسه دودر بنایی از دوره سلجوقی یا ایلخانی است که در اثر گذشت زمان یا حوادثی مانند زلزله آسیب دیده ولی از بنیاد تخریب نشده است.

غرفه ها و حجره هایی این مدرسه در دو طبقه ، از دو گنبد فیروزه ای رنگ و تزئینات کاشی های معرق و یکرنگ تشکیل شده است. مدرسه دودر از جمله بناهای تاریخی واقع در مجموعه حرم مطهر امام رضا(ع) می باشد.

باید از ساختمان مدرسه امیر سیدی موسوم به «یوسفیه» یا «دودر» نام برد. این بنا در سال۸۴۳ هجری قمری ساخته شده است. مدرسه دارای ۶۰۰ مترمربع مساحت و ۳۲ حجره است. گنبد غربی مدرسه نیز گورگاه «امیر سیدی» از امرای بزرگ عهد تیموری و خاندان بانی مدرسه است. فضای معماری بنا پس از زلزله سال ۱۰۸۴ هجری قمری در سال ۱۰۸۸هجری قمری به امر مادر شاه سلیمان صفوی مرمت یافته است.

این بنای تاریخی در جنوب غربی حرم مطهر و در ضلع شمالی شرقی صحن جمهوری اسلامی واقع شده است. نام اصلی این مدرسه یوسفیه بوده که بعدها به مدرسه دودر (به خاطر اینکه دارای دو در ورودی و خروجی است) معروف شد.